依据相关法律，被告拒不配合司法鉴定将承担法律后果，法院可对此作出不利推定。《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条明确，当事人有配合法院诉讼行为（含司法鉴定）的义务。若被告无正当理由拒不配合，法院将依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第九十五条，推定原告主张的事实成立。同时，《司法鉴定程序通则》第二十九条规定，被鉴定人拒不配合致鉴定无法进行的，鉴定机构可终止鉴定。综上，被告无正当理由拒绝鉴定时，法院可能采信原告证据或推定其主张成立，对被告产生不利影响。
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处理被告不配合司法鉴定时，以下特殊情况可能阻碍案件进程：1.被告因重病住院、远在国外等正当理由无法配合，法院可能延期鉴定或允许提交书面说明，影响审理节奏；2.若法院认为现有证据已能认定事实，可能驳回鉴定申请，原告将无法通过鉴定获取有利证据；3.被告在法院介入后改变态度同意配合，虽可能加快鉴定，但也可能导致原告错过最佳取证时机。
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处理被告不配合司法鉴定，需避免以下常见错误：1.忽视证据收集，如未及时保存被告拒绝配合的录音、书面通知等，会使法院难以认定其不配合事实；2.自行施压或威胁被告，此类不当方式不仅违法，还可能被对方反诉或影响案件公正审理；3.错过申请期限，未在法院指定或合理期限内提出强制鉴定申请，法院将不予受理，影响案件事实查明。因此，处理时应依法依规，必要时可咨询我为您提供解答，确保程序合法有效。
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被告不配合司法鉴定可能引发以下法律风险，影响案件最终处理结果：1.法院作出不利推定，例如某医疗损害赔偿案中，医院拒不配合病历笔迹鉴定，法院据此推定原告主张成立，判决医院赔偿；2.案件事实难以查明，例如某财产评估案中，被告拒不提供材料，法院无法确定财产价值，影响赔偿金额判定，损害原告权益。

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